Das Kommando des KKE Thurgau besteht aus der Berufs- und der Milizkomponente und führt die Einheit administrativ als auch operativ.
Der Bataillonskommandant und sein Stellvertreter sowie die Stabsfunktionen S1 (Zivilschutzstelle) und S4 (Logistik) bilden das Berufskommando und sind in ihrer Hauptfunktion beim Amt für Bevölkerungsschutz und Armee in der Abteilung Zivilschutz in verschiedenen Funktion tätigt.
Die Kompaniekommandanten sowie deren Stellvertreter bilden das Milizkommando.
Team
Oberstleutnant Simon Karli
Kommandant
Vakant
Kommandant Stellvertreter
Hauptmann Marc Brühwiler
Kompaniekommandant Pionierkompanie
Hauptmann Fabio Tornese
Kompaniekommandant Stellvertreter Pionierkompanie
Hauptmann Raffael Buff
Kompaniekommandant Stabskompanie
Hauptmann Ramon Portmann
Kompaniekommandant Stellvertreter Stabskompanie
Major Marcel Müller (Instruktor ZS TG)
S4, Logistikoffizier
Hauptmann Murat Koturman (QM ZS TG)
S1, Zivilschutzstelle (Rechnungsführer)